El Directorio del CEBIAE es la instancia máxima en la institución. Está constituído, de acuerdo a los estatutos, por representantes de las iglesias Católica, Luterana y Metodistas; completan este órgano de toma de decisiones el director o directora en funciones de la institución y un o una representante del personal

Miembros

Actualmente el Directorio del CEBIAE está conformado por las siguientes personas:

• R.P. Víctor Blajot Penna. Sacerdote Jesuita, Presidente Honorario CEBIAE (+)

• Fidel Ticona Mamani.  Pedagogo aymara con amplia trayectoria. Presidente del Directorio CEBIAE. Miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la Iglesia Evangélica Metodista en Bolivia.

• Damián Quispe Cayllanti. Profesor laico luterano. Vicepresidente Directorio CEBIAE. Secretario de Educación de la Iglesia Luterana,  representante de la Iglesia Evangélica Luterana en Bolivia.

• Verónica Rodo Baspineiro. Licenciada en Administración de Empresas, Administradora del CEBIAE y miembro de Directorio en representación del personal de la institución.

• Waldo Marca.  Pedagogo de la Conferencia Episcopal de Educación miembro del directorio del CEBIAE en representación de la Iglesia Católica .

• Limbert Ayarde.  Secretario General de la Comisión Episcopal de Educación, miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la  Iglesia Católica.

• Rolando Yanapa Y. Secretario Nacional de Servicios de la IEMB. Miembro del Directorio del CEBIAE en representación de la Iglesia Evangélica Metodista en Bolivia.

• Eduardo González Saá. Doctor en educación, miembro del Directorio del CEBIAE en su calidad de Director de la institución.